Forslag om å etablere et identitetsregister for dyr merket med mikrochip ble første gang fremmet som sak til styremøtet i Smådyrpraktiserende veterinærers forening (SVF) 17. januar 1992. Det ble vedtatt av årsmøtet i SVF 14. mars 1992 å arbeide for opprettelse av et eget identitetsregister for hund og katt og eventuelt andre dyreslag.Dyreidentitet AS ble stiftet 9. desember 1992 og fikk konsesjon fra Datatilsynet for etablering av registeret. Selskapets forretningsmessige virksomhet startet 1. januar 1993. Etableringen og driften
1. januar 2006 inngikk Dyreidentitet AS og Norsk Kennel Klub samarbeid om felles drift av register for elektronisk merkede dyr. Partene hadde på hver sin side frem til nå operert med hvert sitt register.
Dyreidentitet inngikk drifts- og merkesamarbeid med Dyrebeskyttelsen Norge (DN) fra og med 15. september 2006. Samarbeidet medfører en overtagelse av Katteregisteret som har vært driftet av DN samt overgang til elektronisk merking av alle katter. DN praktiserte øretatovering før dette. 2007 ble således det første hele driftsåret i samarbeid med DN.
i 2006 og 2007 har Dyreidentitet jobbet aktivt med merking av produksjonsdyr i samarbeid med avlsorganisasjonen Norsvin, Geno samt Sau og geit. Disse prosjektene innebærer et nytt satsingsområde for selskapet. Prosjektene mottar SkatteFUNN-midler.